Filho de José Margotto e Maria Fernandes Margotto, o padre Gilmar nasceu em Votuporanga no dia 02 de julho de 1970. Foi batizado na Igreja Matriz de Votuporanga pelo Frei Tarcísio Leite no dia 25 de agosto de 1970. Viveu parte de sua infância na cidade de Cosmorama. Foi Crismado também na Igreja Matriz por Dom José de Aquino Pereira. Aos 17 anos entrou para o seminário, sendo ordenado diácono em 13 de maio de 1994 e ordenado presbítero no dia 27 de janeiro de 1995. Ambas as celebrações foram realizadas na Igreja Matriz de Votuporanga e presididas por Dom José de Aquino Pereira. Tomou posse como primeiro pároco da paróquia Senhor Bom Jesus de Votuporanga no dia 16 de fevereiro de 1995, permanecendo nessa paróquia por 16 anos, onde realizou inúmeros trabalhos pastorais e administrativos. Foi convidado pelo então bispo de Rio Preto, Dom Paulo Mendes Peixoto, para participar da Comissão para a Criação da Diocese de Votuporanga, juntamente com os padres Edemur José Alves e Carlos Rodrigues dos Santos. Após o falecimento do padre Edemur, Dom Paulo nomeou o padre Gilmar Margotto como novo pároco da paróquia Nossa Senhora Aparecida, tomando posse no dia 26 de outubro de 2011.

Formação Acadêmica
Cursou Filosofia e Teologia pela Faculdade Sagrado Coração de Jesus em São Jose do Rio Preto entre os anos de 1988 a 1994.
Licenciatura em Psicologia pela UNORP - Centro Universitário do Norte Paulista em São Jose do Rio Preto em 2004 e bacharel em Psicologia em 2005.

Já exerceu as seguintes funções:
Diocese de São José do Rio Preto
Notário da Câmara Eclesiástica da Diocese de São Jose do Rio Preto.
Representante dos Presbíteros da Diocese.
Professor de Ética no curso de Filosofia da Faculdade Sagrado Coração de Jesus.
Diretor Espiritual do Seminário Maior Diocesano para os seminaristas de Filosofia.
Membro do Conselho de Presbítero.
Secretário do Colégio dos Consultores.
Membro da Equipe de Construção da Casa do Clero.
Consultor para transferência de Presbíteros.
Conselheiro Espiritual das ENSs (Equipes de Nossa Senhora) setor Votuporanga.
Diretor Espiritual Diocesano e Regional do ECC, regional sul 1 (São Paulo).
Membro do Conselho Nacional do ECC ( Encontro de Casais com Cristo).
Conselheiro Espiritual Regional da Equipes de Nossa Senhora - São Paulo Norte I
Membro da Comissão em Prol da Criação da Diocese de Votuporanga
Membro da Equipe de Formadores do Seminário

Diocese de Votuporanga
Membro do Colégio dos Consultores da Diocese
Membro do Conselho de Presbíteros
Assessor Diocesano de Imprensa

Funções exercidas atualmente:
Membro do Conselho de Assuntos Administrativos e Econômicos da Diocese
Perito Judicial da Diocese para as Causas Matrimoniais
Diretor Espiritual da Comunidade Assistencial Irmãos de Emaús (Casa Abrigo)
Administrador Paroquial da Catedral Nossa Senhora Aparecida de Votuporanga

Medalha de honra ao mérito